Дело скорее всего и правда в винчестере (особенно если ты говоришь, что как раз его заменял). Тут все так устроено, что неиспользуемые модели выгружаются, а потом могут довольно долго прогружаться. Отсюда и пропадание. Попробуй сделать дефрагментацию. Если не поможет, почитай вот эту статью, попробуй выполнить описанные там действия.